Gastroenterologická ambulancia zabezpečuje diagnostiku a liečbu ochorení tráviaceho traktu – pažeráku, žalúdka, tenkého a hrubého čreva, pečene, žlčníka, žlčových ciest a pankresu. V ambulancii sa vykonávajú vyšetrenia ako odbery krvi a endoskopické vyšetrenia. Pri endoskopickom vyšetrení ide o vyšetrenie žalúdka pomocou videoendoskopu zavádzaného cez dutinu ústnu. Prostredníctvom tohto vyšetrenia má lekár možnosť zistiť výskyt vredov, výrastkov, nádorov alebo iných chorobných procesov. Kolonoskopické vyšetrenie je endoskopická vizualizácia konečníka a hrubého čreva zavedením flexibilného kolonoskopu cez konečník. Týmto vyšetrením sa diagnostikujú hlavne zápaly, polypy a nádory hrubého čreva.